Grazie ai ritrovamenti nelle numerosi necropoli possiamo constatare che i primi insiedamenti risalgono al 10000 AC ossia i primi anni del Neolitico, l'era in cui l'uomo abbandona il nomadismo e fonda i primi villaggi.
Vieste grazie alla sua strategica posizione geografica, che favoriva la pesca e il commercio marittimo, oltre che alle le condizioni climatiche che favorivano l'agricoltura e la pastorizia è fin dai tempi remoti (ma lo è tutto'oggi) un luogo idelae per restare a vivere.
Numerose le teorie su cui il nome Vieste ebbe origine.
Una delle più accreditare e affascinanti e quella risalente al II sec. A.C. Quando l'astrologo e geografo greco Claudio Tolomeo identifica questa zona con il nome di Apeneste dal greco rifugio. Apeneste divenne per i greci un rifugio temporaneo dove trascorrere lunghi periodi per motivi di pesca o per nascondersi in caso di guerre. Col tempo Apeneste abitata principalmenti dai greci assume il nome della Dea Estia della casa e del focolare proprio in ricordo delle prorpie case. Negli anni a venire e la comparsa dell'impero romano Estia prende il nome di Vesta, che si trasforma in Veste in seguito all'inclusione di altre culture nord asiatiche fino ad assumere in tempi più recenti (1800 DC) il nome di Vieste.
Ma con uno studio più recente Vieste è stata indentificata come l'antica Uria. Infatti, gli storici, che prima collocavano questa città in altri paesi del Gargano, grazie al ritrovamento di alcuni reperti storici, tra cui delle monete, e a un gran numero di iscrizioni ritrovate in una grotta sull'isolotto di Santa Eufemia (dove sorge l'attuale faro) documenta il culto per la Venere Sosandra.
La traduzione del testo trovato nella grotta sull'isolotto di Sant'Eufemia:

''Qui vi trovò la morte sua moglie Vesta e
Noè fondò la città imponendole il nome della moglie''

Insomma le vere origini di Vieste si perdono nella notte dei tempi. Quel che è certo è che Vieste fu uno dei primi insediamenti da quando l'uomo da cacciatore-raccoglitore inizia a fondare i primi villaggi. Altro dato certo è che nei dintorni ci sono numerose tracce di altri insediamenti come la città sepolta di Merino e le necropoli sparse lungo tutta la costa.

Arrivati al medioevo si hanno dati più certi che confermano il fatto che la città fu più volte contesa tra Bizantini, Normanni, Longobardi, Veneziani ed Arabi, che sfruttarono questa posizione strategica, soprattutto (purtroppo) dal punto di vista militare. Infatti Vieste oltre ad essere un luogo ideale per l'agricoltura, la pesca e il pascolo è anche un punto strategico dal punto di vista militare grazie alla sua posizione tra le città più a est d'Italia e per la conformità geografica a penisola che favorisce il controllo di tutto il traffico di merci lungo l'Adriatico, sia da nord sia che da sud. A causa di questa caratteristica Vieste diventa teatro di numerosi conflitti fino a trovare finalmente pace nel 400 DC grazie con l'impero romano d'oriente e il controllo dei bizantini di Costantinopoli che assicuravano il controllo delle rotte e dei traffici marittimi.
Nell'anno 1000 DC i Normanni dalla Sicilia iniziano a espandere i propri territori verso nord assumendo anche il controllo di tutto il Gargano, in questo periodo nascono in tutto l'impero numerose cattedrali e castelli, è infatti in questo periodo che risalgono la costruzione del castello di Vieste e la cattedrale, che vennero successivamente quasi distrutte in seguito a un incursione dei veneziani ma subito ricostruiti da Federico II di Svevia, che trasforma il castello in una imponente costruzione a forma di nave con prua rivolta verso il mare e in una vera e propria fortezza.
Nel castello fu ospitato nel 1002 il Doge di Venezia che andava in soccorso a Bari occupata dai saraceni e Alessandro III prima di imbarcarsi per andare a firmare la pace con Federico Barbarossa.
A Vieste trova rifugio nel 1265 anche il papa Celestino V dopo aver rinunciato al papato mentre cercava di imbarcarsi verso la Grecia ma fu subito catturato nei pressi di Merino.
Nel 1500 durante l'impero ottomano e le guerre corsare, i mari dell'Adriatico tornano ad essere pericolosi a causa dei pirati turchi che saccheggiavano le città costiere e saccheggiando imbarcazioni di merci e pescatori. Proprio dalla necessità di pescare dalla costa senza correre rischi di essere saccheggiati e resi prigionieri nascono i famosi trabucchi che tutt'oggi sono sparsi lungo tutta la costa di Vieste.
è proprio in questo periodo, più esattamente nel 1554 il più temuto e sanguinario pirata Dragut sbarcò a Vieste e fece prigionieri tanti uomini viestani, Nella città vecchia c'è una roccia chiamata Chianca Amara, dove si dice che Dragut decapitò con la sua spada 5000 viestani.
Dopo l'invasione di Dragut, per prevenire queste spiacevoli visite, Vieste fu dotata delle torri costiere. Erano queste robuste costruzioni di difficile accesso per i pirati, sistemate lungo la costa sulle punte più sporgenti, in modo tale che l'una potesse vedere l'altra. In caso di avvistamenti, dei militari posti sulle torri, comunicavano con segnali visivi alle altre torri la presenza di imbarcazioni sospette. Le torri sono ancora oggi visibili.

Per quanto riguarda l’età risorgimentale, anche Vieste diede il suo contributo per l'unita d'Italia. Contributo macchiato del sangue di moltissimi cittadini che da una parte credevano fermamente nell'unita d'Italia, e dall'altra rimanevano fedeli al regno borbonico. Si formarono società segrete che cospiravano contro i Borboni, e ad accrescere gli entusiasmi di coloro che ne facevano parte, vi erano le continue notizie che da Napoli portavano gli studenti e i professionisti. I Borboni si sentivano sempre più minacciati dalla crescita fervente di chi credeva nell’unità, e cominciarono a perseguitare, uccidere e condannare al carcere duro i sostenitori del re Vittorio Emanuele. Il Piemonte, riuscendo ad ottenere l'annessione della Lombardia prima, della Toscana e dell'Emilia Romagna poi, fece accrescere il malcontento nel Regno delle Due Sicilie contro il re Francesco II.

Malcontento che fu ferocemente represso dal re borbonico. Vittorio Emanuele approfittando della situazione decise di liberare il Regno delle Due Sicilie. Una spedizione di 1000 uomini comandata da Garibaldi, partì da Quarto il 5 maggio del 1860, ed entrò in Napoli il 7 settembre liberandola dai Borboni. Il 21 ottobre successivo furono svolte le votazioni per annettere il Regno delle Due Sicilie all'Italia. Fu in seguito a queste votazioni che a Vieste e in tutti i paesi circostanti successero tantissimi fatti di sangue. Queste zone d'Italia erano molto legate al regno borbonico, e da qui ne scaturirono tantissimi scontri con le truppe del regno italico. In solo due anni, tra il 1861 ed il 1863, si contarono più di 400 filoborbonici uccisi o morti durante gli scontri. Proprio a Vieste, il 27 luglio del 1861, vi fu un cruento scontro tra una spedizione di filoborbonici e i cittadini impegnati a realizzare l’unità d'Italia, che provocò la morte di molti cittadini onesti.